Från Linköping gick järnvägen över slätten till Bränninge. Från Bränninge fanns från år 1916 en sidolinje till Skänninge och Väderstad (VSBJ).
Strax norr om Bränninge passerades Svartån på en 81 m lång bro. Järnvägen fortsatte så förbi Vretakloster, Gullberg och Maspelösa stationer, delvis genom skogsparker. Från Maspelösa gick MÖJ rakt västerut till Klockrike med vidsträckt utsikt över den plana slätten. Från Klockrike fanns från år 1907 en elektrisk sidolinje till Borensberg.
Huvudlinjen fortsatte från Klockrike över en mosse och genom barrskog till Älvan. Därifrån vidare, först genom skog och sedan över slätt, till Fornåsa. Från Fornåsa fanns från år 1915 en sidolinje till Motala.
MÖJ fortsatte västerut, delvis genom löv- och barrskog, till Varv, banans högst belägna station. Vidare västerut i nedförslut mot Fågelsta, där smalspåret passerade över statsbanan Hallsberg - Motala för att ansluta till FVÖJ spår som låg på bangårdens västra sida.